توضیحات کارگاه

کارگاه فشرده تحلیل داده‌های Bulk RNA-seq با هدف آموزش یک مسیر عملی و منسجم برای تحلیل داده‌های ترنسکریپتومیک طراحی شده است. در این دوره، شرکت‌کنندگان با مفاهیم پایه RNA-seq، ساختار فایل‌های رایج NGS، کنترل کیفیت داده‌ها، هم‌ترازی خوانش‌ها، تولید ماتریس شمارش و تحلیل بیان افتراقی آشنا می‌شوند و در ادامه، تحلیل داده‌ها را در محیط R و با استفاده از DESeq2 انجام می‌دهند. بخش پایانی دوره به تصویرسازی، تحلیل غنی‌سازی عملکردی و تفسیر زیستی نتایج اختصاص دارد.

این کارگاه برای چه افرادی مناسب است؟

این کارگاه برای دانشجویان و پژوهشگران حوزه‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، زیست‌شناسی سلولی و مولکولی، بیوانفورماتیک، پزشکی و علوم مرتبط طراحی شده است که قصد دارند تحلیل داده‌های Bulk RNA-seq را به‌صورت عملی یاد بگیرند. همچنین برای افرادی مناسب است که می‌خواهند نتایج RNA-seq را برای پروژه پژوهشی، پایان‌نامه یا مقاله علمی تحلیل و تفسیر کنند. آشنایی مقدماتی با مفاهیم بیان ژن، مبانی برنامه‌نویسی با R و دستورات پایه لینوکس (Bash) از پیش‌نیازهای دوره است.

سرفصل و محتوای آموزشی

در جلسه اول، مبانی ترنسکریپتومیکس و فناوری‌های Sequencing، ساختار فایل‌های FASTQ، FASTA، GTF/GFF، SAM و BAM، مفاهیم Phred Score، CIGAR و Flags و همچنین مسیر تحلیل بالادستی شامل FastQC، HISAT2 و HTSeq-count بررسی می‌شود. در ادامه مفاهیم log2FC، p-value و FDR و نمودارهای PCA، Volcano Plot و Heatmap معرفی خواهند شد. جلسه دوم به اجرای عملی تحلیل در RStudio، کار با DESeq2، شناسایی ژن‌های بیان‌شده افتراقی، تصویرسازی و تحلیل غنی‌سازی عملکردی با Enrichr، GO و KEGG اختصاص دارد.

پیش‌نیازهای دوره

برای استفاده بهتر از محتوای کارگاه، شرکت‌کنندگان باید با مفاهیم مقدماتی زیست‌شناسی مولکولی، به‌ویژه مفاهیم مرتبط با بیان ژن، آشنایی اولیه با زبان برنامه‌نویسی R و همچنین دستورات پایه لینوکس (Bash) آشنا باشند. این دوره از سطح مقدماتی مطلق R یا لینوکس شروع نمی‌شود و تمرکز آن بر استفاده از این ابزارها در مسیر تحلیل داده‌های Bulk RNA-seq است.

تخفیف ثبت‌نام گروهی

با هدف حمایت از دانشجویان، پژوهشگران و تیم‌های تحقیقاتی، برای ثبت‌نام گروهی در کارگاه «تحلیل داده‌های Bulk RNA-seq» تخفیف ویژه‌ای در نظر گرفته شده است. در ثبت‌نام ۳ نفره، هر یک از اعضای گروه ۱۰٪ تخفیف دریافت می‌کند و برای گروه‌های بیش از ۳ نفر، ۱۵٪ تخفیف برای هر نفر اعمال خواهد شد. این طرح برای همکلاسی‌ها، همکاران آزمایشگاهی و اعضای تیم‌های پژوهشی در نظر گرفته شده است. برای هماهنگی ثبت‌نام گروهی می‌توانید با پشتیبانی اگزوبایوژن از طریق تلگرام و بله با شناسه @exobiogen در ارتباط باشید.

نحوه ثبت‌نام در کارگاه

ثبت‌نام در کارگاه «تحلیل داده‌های Bulk RNA-seq» به‌صورت آنلاین و از طریق وب‌سایت اگزوبایوژن انجام می‌شود. کافی است وارد وبسایت شوید، کارگاه را انتخاب کرده و اطلاعات موردنیاز را تکمیل کنید. پس از پرداخت، رسید پرداخت را در بخش مربوطه بارگذاری نمایید تا توسط تیم پشتیبانی بررسی و تأیید شود. پس از تأیید، دسترسی به محتوای دوره و اطلاعات تکمیلی در حساب کاربری شما فعال خواهد شد. در صورت بروز مشکل در ثبت‌نام یا پرداخت، می‌توانید با @exobiogen در تلگرام و بله در ارتباط باشید.

دسترسی به فایل ضبط‌شده و محتوای آموزشی

تمامی جلسات کارگاه به‌صورت کامل ضبط می‌شوند و شرکت‌کنندگان به مدت ۳ ماه به ویدئوهای آموزشی، فایل‌ها و محتوای تکمیلی دوره و پشتیبانی آموزشی دسترسی خواهند داشت. محتوای آموزشی از طریق کانال تلگرامی آرشیو کارگاه در اختیار شرکت‌کنندگان قرار می‌گیرد تا امکان مرور مجدد مطالب و تمرین مراحل تحلیل وجود داشته باشد. پس از پایان دوره نیز گواهی معتبر و رسمی دانشگاهی از طرف اگزوبایوژن و آزمایشگاه مرکزی دانشگاه خوارزمی برای شرکت‌کنندگان صادر خواهد شد.