در این سرویس، ساختار ثانویه RNA با استفاده از الگوریتم‌های محاسباتی و ابزارهای پیشرفته پیش‌بینی می‌شود تا نحوه جفت‌شدن بازها (base pairing) و نواحی حلقه‌ای (loops) مشخص گردد. این تحلیل نقش مهمی در درک عملکرد RNAها، بررسی پایداری مولکول، طراحی siRNA، miRNA و مطالعه RNAهای غیرکُدکننده دارد. در اگزوبایوژن، تحلیل‌ها با رویکرد دقیق بیوانفورماتیکی و بر پایه مدل‌های ترمودینامیکی انجام می‌شود تا تصویری واقع‌گرایانه از ساختار و پایداری RNA به‌دست آید.
