در سرویس همردیف‌سازی توالی‌ها، توالی‌های DNA، RNA یا پروتئین با استفاده از الگوریتم‌های پیشرفته مانند BLAST، Clustal Omega و MUSCLE با یکدیگر مقایسه می‌شوند تا شباهت‌ها، تفاوت‌ها و نواحی محافظت‌شده میان آن‌ها مشخص شود. این آنالیز یکی از مراحل کلیدی در مطالعات فیلوژنتیکی، طراحی پرایمر، شناسایی ژن‌های هم‌ساخت (Homologous genes) و بررسی جهش‌های ژنتیکی است. در اگزوبایوژن، این تحلیل با دقت بالا و استفاده از نرم‌افزارهای تخصصی انجام می‌شود تا پژوهشگران بتوانند از داده‌های توالی خود تفسیرهای دقیق و قابل اتکایی به‌دست آورند.
